image/svg+xml Utiliser Anagène Logiciel Anagène Séchet D. 20140526 Cliquer sur les boutons numérotés et se laisser guider dans l'exploration des fonctionnalités du logiciel Explorer les fonctions et points importants relatifs à la comparaison de séquences avec anagène Séquences à l'ouverture A l'ouverture des fichiers les séquences ne sont pas forcément classées dans l'ordre le plus pertinent. Sélectionner des séquences Bouton de sélection des séquences Curseur pour déplacer les séquences Pour observer les séquences dans toute leur longueur. Remonte la ligne pointée et sélectionnée Enfoncer le bouton à gauche de la séquence puis la déplacer en agissant sur la flèche noire au dessus. Déplacer une séquence Il est parfois nécessaire de changer l'ordre des séquences. La première séquence sert toujours de référence et on dispose la plus longue en premier. Longueur séquences Vérification de la longueur des séquences à comparer. En cas de différence on utilise un alignement avec discontinuité. L'algorithme recherche les zones les plus semblables de la molécule. Règle en triplet pour les protéines Il y a deux règles dans Anagène. On en change en cliquant dessus une fois. L'autre règle, de couleur noire, est utilisée pour les acides nucléiques (ADN, ARN...) Fonction Dot Plot Graphique de ressemblance : fonction, Dot plot Pour comparer deux séquences afin de détecter les régions de fortes similarité : - Sélectionner les séquences deux à deux - Menu «Traiter/graphique de ressemblance » Une suite de points disposés en diagonale indique les régions similaires entre les 2 séquences. Résultat dotplot Suite au DotPlot le logiciel affiche 4 niveaux de similitude correspondant à : - point jaune : 5 éléments identiques sur 9 ; point vert : 6 éléments identiques sur 9 ; point bleu : 7 éléments identiques sur 9 ; point rouge : 8 ou 9 éléments identiques sur 9. En bas on peut lire l'emplacement du cuseur, ici autour de la position 120 pour les deux molécules. Alignement Bouton pour demander un alignement. Il faut ensuite choisir entre alignement simple et avec discontinuité. Résultat alignement avec discontinuité Début de la comparaison suite à l'alignement avec discontinuité Acides aminés identiques Acides aminés identiques Acides aminés différents Acides aminés différents Acide aminé qui n'existe aps chez E6J chaine lourde Acide aminé qui n'existe aps chez E6J chaine lourde autour de l'emplacement 120 Après le dotplot on sait qu'on doit se concentrer sur la région autour de l'acide aminé 120. On observe effectivement la transition entre une zone où les acides aminés sont hypervariables et une zone où ils sont identiques. Comparaison en fin de séquence Comparaison en fin de séquence suite à l'alignement avec discontinuité.Exemple de zone de similarité. Utiliser le logiciel Anagène pour comparer deux chaînes protéiques
image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml CRDP Académie de Versailles Réalisé avec le logiciel Images Actives édité par le CRDP de l'académie de Versailles. Développement : Joachim DornbuschErgonomie : Aurélie Chauvet, Abder Imine,Marie Persiaux, Isabelle PeruchoGraphismes : Wahid MendilCopyright (c) 2011 Centre régional de documentationpédagogique de l'académie de VersaillesImages Actives est un logiciel libre; vous pouvez le redistribuer et/ou le modifier selon les termes de laLicence publique générale (GNU). image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml image/svg+xml